Σκοπός του Φαρμακευτικού Συλλόγου Θεσπρωτίας είναι η προαγωγή της Φαρμακευτικής Επιστήμης, αλλά και η αρωγή προς την Πολιτεία για θέματα που αφορούν τη Δημόσια Υγεία, ως επίσημος σύμβουλος αυτής, με σκοπό το δημόσιο συμφέρον.
Επίσης η μέριμνα για τη δημιουργία κοινού συναδελφικού πνεύματος και ομαλών σχέσεων μεταξύ των φαρμακοποιών, η πιστή τήρηση της νομοθεσίας που αφορά τους φαρμακοποιούς , η προσπάθεια τήρησης της επαγγελματικής τιμής και αξιοπρέπειας των μελών του συλλόγου και γενικά των φαρμακοποιών καθώς και η παροχή βοήθειας των εχόντων ανάγκη μελών και των οικογενειών τους.

Μέλη του φαρμακευτικού συλλόγου Θεσπρωτίας είναι όλοι οι φαρμακοποιοί που λειτουργούν νόμιμα φαρμακείο και ασκούν τη φαρμακευτική επιστήμη εντός του νομού Θεσπρωτίας, είναι μόνιμα εγκατεστημένοι στην περιφέρεια του συλλόγου και είναι Έλληνες υπήκοοι.